在用萃取法提取某些抗菌素（如青霉素、链霉素）的过程中，为了保持产品的稳定性，两相液体的接触时间必须很短。因此离心萃取机在制药工业中，特别是在抗菌素萃取过程中得到了广泛应用。
Podbielniak式离心萃取机于40年代在美国用于青霉素的萃取，这也是离心萃取机最早的工业性应用。后来，Alfa-Laval式、Quadronic式以及Luwesta式等其他多种单台多级式离心萃取机也都是主要应用于抗菌素的萃取。在制药工业中还采用告诉离心分相器，例如夏普列斯超级离心机等，它们的转速达每分钟上万转，离心分离因数达上万。单台单级式离心萃取机在制药工业中也得到推广应用。我国研制的XS型离心萃取机、HL型环隙式离心萃取机对于青霉素、螺旋霉素、赤霉素、氢化可的松等的萃取都获得良好的效果，有的已用于生产过程。河南中合汇萃科技有限公司研制的BXT型离心萃取机，在国际离心萃取机行业具有明显地优势。单台功耗极低。
在药物 萃取过程中，若料液中含有易引起严重乳化的物质，一般离心分离因数较小的离心萃取机就很难正常运行。这是必须对液料进行有效的预处理来除去易引起严重乳化的杂质，或采用离心分离因数大的离心萃取机。
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